Venne fondata sul luogo della stazione romana Ad Navalia, indicata nella Tavola Peutingeriana, è citata per la prima volta, come Varagine, in un documento del X secolo. Il toponimo viene riportato al latino VARAGINE, derivante a sua volta dal verbo VARARE e avente il significato di ‘luogo di approdo o di costruzione delle imbarcazioni’. Sorta, in origine, su un colle prospiciente il mare, fu al centro di accese contese tra Savona e la repubblica marinara di Genova, alla quale fu venduta, nel Duecento, dai marchesi di Ponzone e dai Malacelli, che l’avevano avuta in feudo. Spostatasi lungo la costa, acquistò l’autonomia amministrativa già nella prima metà del XIII secolo, venendo poi elevata a podesteria, con giurisdizione estesa su un vasto territorio. Seguendo le sorti di Genova nel Settecento cadde sotto la dominazione napoleonica e fu annessa al regno di Sardegna, col congresso di Vienna del 1815.